Awalnya di wilayah Sulawesi Tenggara terdapat beberapa institusi Akademi Kesehatan baik dari Depkes maupun dari Pemda. Khusus institusi pendidikan dibawah naungan Depkes terdapat 3 institusi yaitu : Akademi Keperawatan, Akademi Gizi dan Akademi Kebidanan.
Untuk mengefisienkan penggunaan sumberdaya dan dana yang tersedia, maka Pemerintah Pusat dalam hal ini Departemen Kesehatan RI menerbitkan Keputusan Menteri Kesehatan dan Kesehatan Sosial RI. Nomor 298/MENKES-KESSOS/SK/IV/2001 tanggal 16 April 2001 sebagai dasar didirikannya Politeknik kesehatan.
Akademi Kesehatan yang bernaung di bawah Depkes segera menyikapi SK tersebut, maka pada bulan Oktober dan November 2001 semua Akademi Kesehatan naungan Depkes di Sulawesi Tenggara segera membentuk Panitia ad Hock yang terdiri dari 5 orang perwakilan dosen setiap Akademi, 3 orang dari Kanwil Depkes Propinsi Sulawesi Tenggara dan dari Pusdiknakes 1 orang sesuai petunjuk yang ada. Panitia Ad Hock bertugas mempersiapkan pembentukan Poltekkes mulai dari penyiapan dan pelaksanaan proses pemilihan Direktur dan Pembantu Direktur, Ketua Jurusan dan Sekretaris Jurusan, Ketua Program Studi dan Sekretaris Jurusan.
Pada tahun 2012 diterbitkan Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Nomor : 355/E/O/2012 tanggal 10 Oktober 2012 tentang Alih Bina Penyelenggaraan Prodi pada Poltekkes Kemenkes RI dari Kementerian Kesehatan kepada Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan, maka selanjutnya seluruh kegiatan administrasi akademik Poltekkes Kemenkes Kendari pembinaannya dilaksanakan oleh Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan, sedang kegiatan pengelolaan sumber daya, adminitrasi umum dan keuangan tetap dalam pembinaan Kementerian Kesehatan RI.
Saat ini Poltekkes Kemenkes Kendari menyelenggarakan 4 Program Studi Diploma III, yaitu D-III Keperawatan , D-III Kebidanan, D-III Gizi dan D-III Analis Kesehatan serta 2 Program Studi Diploma IV, yaitu D-IV Kebidanan, dan D-IV Gizi berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Nomor : 355/E/O/2012 tanggal 10 Oktober 2012 tentang Alih Bina Penyelenggaraan Prodi pada Poltekkes Kemenkes RI dari Kementerian Kesehatan kepada Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan.
